MTs Muhammadiyah Patikraja rutin melaksanakan upacara pengibaran bendera setiap hari Senin maupun pada hari besar nasional. Kegiatan ini menjadi sarana penting dalam menanamkan rasa cinta tanah air, melatih kedisiplinan, serta membangun rasa tanggung jawab di kalangan siswa. Upacara diikuti oleh seluruh warga sekolah, mulai dari siswa, guru, hingga staf, sehingga tercipta suasana kebersamaan dan kekompakan.
Petugas upacara dipilih dari perwakilan siswa secara bergiliran. Hal ini bertujuan agar setiap siswa memiliki kesempatan untuk berlatih kepemimpinan, tanggung jawab, serta keberanian tampil di depan umum. Selain pengibaran bendera Merah Putih, rangkaian upacara juga diisi dengan pembacaan teks Pancasila, pembukaan UUD 1945, janji siswa, dan doa bersama.
Momen yang paling ditunggu adalah amanat pembina upacara, di mana guru memberikan pesan-pesan motivasi, arahan, serta pembinaan karakter Islami. Melalui amanat tersebut, siswa tidak hanya diarahkan untuk menjadi pribadi yang disiplin dan cinta tanah air, tetapi juga dituntun untuk menumbuhkan akhlak mulia sesuai dengan nilai-nilai Islam.
Dengan rutinitas ini, diharapkan seluruh siswa MTs Muhammadiyah Patikraja mampu mengembangkan sikap nasionalisme, religius, serta karakter positif yang akan menjadi bekal berharga dalam kehidupan sehari-hari, baik di lingkungan sekolah maupun di masyarakat.